Berdasarkan Undang-undang Nomor 16 Tahun 1992 dan Peraturan Pemerintah Nomor 15 Tahun 2002 tentang Karantina Ikan, Tugas Pokok dan Fungsi Karantina Ikan adalah mencegah masuk dan tersebarnya Hama dan Penyakit Ikan Karatina dari luar negeri, dari suatu area ke area lain didalam negeri atau keluarnya dari wilayah Negara Republik Indonesia. Stasiun KIPM Kelas II Tarakan juga menyelenggarakan fungsi yang diatur dalam PERMEN KP No. 15/MEN/2011 tentang Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan yang masuk atau keluar dari Wilayah Indonesia
