Stasiun Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Kelas II Tarakan adalah Unit Pelaksana Teknis dibawah Badan Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BKIPM) yang mempunyai tugas pokok dan fungsi untuk mencegah masuk dan tersebarnya hama dan penyakit ikan karantina (HPIK) dari luar negeri dan dari suatu area ke area lain didalam negeri atau keluar dari wilayah negara Republik Indonesia.
Stasiun KIPM Kelas II Tarakan juga menyelenggarakan fungsi sebagai pengendali mutu dan keamanan hasil perikanan yang masuk dan keluar wilayah Republik Indonesia.
